El nombre de Penipe según los Filósofos viene del vocablo colorado: PI-NI-PI, que significa el Rio de las Serpientes.

Según la tradición la zona Nororiental de la Provincia de Chimborazo estuvo habitada por la Tribu aborigen de los Pinipis, territorio que comprendía las actuales parroquias de Penipe, Bayushig, Matus, el Altar, y Puela.

Sobre el territorio de los Pinipis se fundó el asiento Español el 4 de octubre de 1563, bautizado con el nombre de San Francisco del Monte del Cedral de Penipe y lo nombró como su Santo Patrono.

En 1845 forma parte civil del cantón Guano y las parroquias que formaban la comarca en Penipe fueron inicialmente: Puela, Ganshy o El Altar, Matus y Bayushig.

 El 9 de febrero de 1984 se eleva a la categoría de cantón, incorporándose después como parroquias La Candelaria y Bilbao.